將結腸纖維鏡經由肛門放至盲腸處，檢查深度約120cm，可觀查到直腸、乙狀結腸、降結腸、橫結腸及升結腸之病變，例如發炎、潰瘍、憩室、腫瘤、息肉及痔瘡等。

(1)痔瘡
痔瘡以肛門鋸齒線為界，可分為內痔、外痔和混合痔(合併內痔與外痔)。外痔的症狀以疼痛、搔癢為主，內痔則以出血或排便後痔瘡脫出為主。痔瘡的治療可分為保守治療、藥物治療與手術治療等。無症狀之痔瘡通常不需處理，建議患者平時多攝食含纖維物質，避免攝食酒類、辛辣及油炸製品，避免久坐或久站，並保持規律的排便習慣。若有疼痛、出血則轉介大腸直腸科專科醫師。

(2)大腸息肉
健檢常見在直腸或乙狀結腸發現有息肉的生長，好發於50歲以上有家族史的民眾，受檢者大多數並無臨床症狀，少數人下腹部輕微不適或僅在糞便檢查時呈現輕度潛血反應。這些息肉絕大多數為良性，以增生性息肉及腺瘤性息肉最常見。腺瘤且其直徑大於1公分，則日後大腸癌機率增加。由於少數大腸息肉有轉為惡性的機會，建議將可疑的息肉安排息肉切除，切除之後每二到三年定期大腸鏡追蹤檢查。

(3)憩室
通常發生在局部腸壁結構較弱的地方，整個結腸都有發生的可能，尤以乙狀結腸最常見。憩室直徑大多不到一公分。大多數的憩室並無症狀，少數則可能引發憩室炎、出血或穿孔等併發症，臨床上端視有無症狀來決定是否需要治療。