無痛腸胃鏡檢查前需先經由麻醉科醫師評估受檢者身體狀況，並詢問有無藥物過敏等病史。確認沒問題後，接上血氧、心率和血壓監視器，然後靜脈注射麻醉鎮痛和抗焦慮安眠藥物，達到淺層麻醉效果，亦即提高受檢者對疼痛忍受度，但又不像手術時的深度麻醉狀態。

在麻醉醫師或護理師全程監控下，腸胃科醫師檢查過程和一般胃鏡、大腸鏡相同。由於每個人對麻醉藥的反應不同，為安全起見，所有檢查前之評估及檢查中的生命現象的監控，都會全程由麻醉專科醫師負責，因此危險性相當低。除了年紀太大、心肺功能不佳、氣喘或有某些重大疾病外，絕大多數人都可進行此種檢查。因為透過輕度快速且短暫的麻醉劑讓受檢者在睡著情況下完成檢查，因此過程中感受不到任何痛苦，也能讓操作醫師完整、從容的檢查，檢查完後也很快就恢復意識，幾乎沒有任何後遺症。檢查結束後要注意的是需休息至意識清醒再離開，檢查後當天禁止做精細或危險工作，例如開車、騎車、操作精密儀器設備等。