將軟性胃纖維鏡直接由口腔放入胃部，可由其形狀與顏色來觀察胃、食道及十二指腸是否有發炎、感染、憩室、胃酸逆流、潰瘍、息肉或腫瘤…等異常，於檢查過程中可同時採集細胞切片或培養。
(1)消化性潰瘍(包括十二指腸潰瘍、胃潰瘍及食道潰瘍)

典型的症狀為上腹疼痛、灼熱、嘔酸或腹脹、噁心、食慾變差等。有些人平時沒有上述典型症狀，一旦急性發作即以解深黑色大便(上消化道出血)來表現。

潰瘍的原因相當複雜，常見於容易緊張、精神壓力大、飲食習慣不良、長期服用類固醇或止痛藥劑、胃黏膜較薄弱或胃酸分泌過多的人身上。消化性潰瘍對藥物治療的療效十分良好，但若同時併有胃黏膜幽門桿菌感染者其一年內的復發率很高。故醫師會依臨床需要，在做胃鏡之同時幫受檢者做黏膜切片檢查，若發現有幽門桿菌感染的情形，則同時給予抗生素製劑以徹底根除幽門桿菌。 　
(2)胃炎、胃糜爛、十二指腸炎

此種內視鏡下胃或十二指腸黏膜變化是指黏膜發炎或糜爛破皮，可分為急性或慢性。臨床意義從正常、輕微發炎甚或是厲害之發炎都有可能，應配合受檢者病史及症狀來判別，對於無症狀的健檢受檢者通常不需治療。飲食建議避免暴飲暴食，避免食用刺激性的食物或藥物。一旦出現明顯臨床症狀如灼熱、疼痛、嘔酸等上腹不適，則應儘早就醫接受治療。

(3)胃食道逆流疾病

胃食道逆流是因為胃酸逆流到食道造成食道黏膜損傷發炎所致。可能造成胸口灼熱和胃酸返流，尤其在餐後、彎腰或平躺時最明顯。輕症患者平日多無臨床症狀，但 重症患者可能有持續性上腹部或胸口灼熱、疼痛或嘔酸不適，應儘早就醫診治。